Liaison génétique et fréquence de recombinaison

Deux loci portés par un même chromosome peuvent être transmis ensemble plus souvent que ne le prévoit l'assortiment indépendant. Un crossing-over entre chromatides homologues peut produire des combinaisons nouvelles d'allèles. La liaison se mesure par les descendants recombinés, à condition de connaître la phase parentale et le type de croisement.

Dans un croisement test approprié, le génotype du descendant révèle le gamète de l'hétérozygote. La fréquence de recombinaison est le nombre de recombinants divisé par le total. Pour de faibles distances, un pourcentage correspond approximativement à un centimorgan. Les recombinaisons multiples rendent ce raccourci moins fidèle à grande distance ; la fréquence observée plafonne à 50 %.

Un croisement test fictif produit 400 descendants AB, 400 ab, 100 Ab et 100 aB, avec une phase parentale AB/ab connue. Les recombinants sont Ab et aB : $r=(100+100)/1000=0{,}20$. L'estimation élémentaire donne 20 cM, sous l'approximation annoncée. Les deux classes rares ne suffisent pas à identifier la phase dans tous les cas si viabilité, taille d'échantillon ou conditions du croisement sont problématiques.

Le tableau regroupe les deux classes parentales et les deux recombinées avant la division. Les effectifs de toutes les classes composent le dénominateur. La carte génétique mesure une probabilité de recombinaison, pas une distance physique directe en paires de bases.