Biologie · Licence 3 · 1 exercice vérifié
S’entraîner : Expression différentielle en RNA-seq : normalisation, log2 fold change et tests multiples
Chapitre : Génomique fonctionnelle et analyse de données à haut débit
Ce que vous travaillez
Passer d'une table de comptages de lectures à une liste de gènes différentiellement exprimés, en sachant ce que chaque étape suppose. Pourquoi un comptage brut n'est pas comparable d'un échantillon à l'autre : profondeur de séquençage, composition de la librairie, longueur du transcrit. Ce que mesure un log2 fold change et pourquoi on travaille en logarithme de base 2 : la symétrie entre une multiplication et une division par le même facteur. Pourquoi un test par gène sur des dizaines de milliers de gènes produit des milliers de faux positifs au seuil de 5 %, et ce que corrige la procédure de Benjamini-Hochberg : elle contrôle la proportion attendue de faux positifs PARMI les gènes déclarés (le taux de fausses découvertes), et non la probabilité d'en commettre un seul. Lire un volcano plot : l'amplitude en abscisse, la significativité en ordonnée, et la raison pour laquelle les deux sont nécessaires. Distinguer significativité statistique et pertinence biologique, et savoir qu'une réplication BIOLOGIQUE ne se remplace pas par une réplication technique.
À maîtriser avant de commencer
Ces notions sont utilisées ici. Relisez-les si l’une d’elles vous échappe.
- Expression génétique : transcription et traduction — Du gène à la protéine : transcription en ARN messager, code génétique (codons, redondance, universalité), traduction par le ribosome, relation génotype-phénotype.
- Dispersion : étendue, quartiles, écart-type — Étendue, quartiles et écart interquartile, écart-type, comparaison de séries, diagramme en boîte.
- Probabilités conditionnelles et indépendance — P_A(B), arbre pondéré, formule des probabilités totales, indépendance de deux événements.
- Fonction logarithme népérien — Réciproque de l'exponentielle, ln(ab) = ln a + ln b, ln(a^n) = n ln a, variations, dérivée 1/x, résolution d'équations e^x = k.
Comment se déroule la séance
Cette séance s’appuie sur 1 exercice vérifié. Chacun produit un nouvel énoncé à chaque ouverture, avec une solution calculée.
Formats de réponse : Réponse numérique (1). Difficulté 5 sur 5. Environ 5 minutes pour un premier passage.
Dans votre compte : aide graduée (indice, rappel de cours, aide au démarrage), corrigé pas à pas après chaque tentative, suivi de vos progrès.
Essayez un exercice, sans compte
Un exercice réel de cette séance, le même pour chaque visiteur. Répondez, puis vérifiez : la correction est calculée, et le corrigé s’affiche après votre tentative.
Difficulté 5 sur 5 · ≈ 5 minutes
Énoncé
Pour un gène, le compte brut témoin est 312 avec un facteur de taille 12, et le compte traité 9126 avec un facteur de taille 27. Calculez le log2 du rapport traité/témoin après division par les facteurs de taille. Il s’agit d’un contraste descriptif sans réplicats : aucune significativité ne peut en être déduite.
Donnez la valeur numérique demandée, avec au moins six chiffres significatifs si nécessaire.
Votre réponse
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Pour aller plus loin
- Lire le début du cours : Expression différentielle en RNA-seq : normalisation, log2 fold change et tests multiples
- Fiche de révision : Génomique fonctionnelle et analyse de données à haut débit (Licence 3)
- Notion suivante : Potentiel de membrane : équilibre de Nernst et équation de Goldman
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