Biologie · Licence 3 · 1 leçon
Fiche de révision : Génomique fonctionnelle et analyse de données à haut débit
L’essentiel de chaque leçon du chapitre, tel qu’il est écrit dans le cours : à relire, à imprimer, puis à vérifier par l’entraînement.
Les notions de cette fiche
- Expression différentielle en RNA-seq : normalisation, log2 fold change et tests multiples — Passer d'une table de comptages de lectures à une liste de gènes différentiellement exprimés, en sachant ce que chaque étape suppose. Pourquoi un comptage brut n'est pas comparable d'un échantillon à l'autre : profondeur de séquençage, composition de la librairie, longueur du transcrit. Ce que mesure un log2 fold change et pourquoi on travaille en logarithme de base 2 : la symétrie entre une multiplication et une division par le même facteur. Pourquoi un test par gène sur des dizaines de milliers de gènes produit des milliers de faux positifs au seuil de 5 %, et ce que corrige la procédure de Benjamini-Hochberg : elle contrôle la proportion attendue de faux positifs PARMI les gènes déclarés (le taux de fausses découvertes), et non la probabilité d'en commettre un seul. Lire un volcano plot : l'amplitude en abscisse, la significativité en ordonnée, et la raison pour laquelle les deux sont nécessaires. Distinguer significativité statistique et pertinence biologique, et savoir qu'une réplication BIOLOGIQUE ne se remplace pas par une réplication technique.
À maîtriser avant de commencer
Ces notions sont utilisées ici. Relisez-les si l’une d’elles vous échappe.
- Expression génétique : transcription et traduction — Du gène à la protéine : transcription en ARN messager, code génétique (codons, redondance, universalité), traduction par le ribosome, relation génotype-phénotype.
- Dispersion : étendue, quartiles, écart-type — Étendue, quartiles et écart interquartile, écart-type, comparaison de séries, diagramme en boîte.
- Probabilités conditionnelles et indépendance — P_A(B), arbre pondéré, formule des probabilités totales, indépendance de deux événements.
- Fonction logarithme népérien — Réciproque de l'exponentielle, ln(ab) = ln a + ln b, ln(a^n) = n ln a, variations, dérivée 1/x, résolution d'équations e^x = k.
Le début de la fiche
Extrait de la leçon « RNA-seq : normaliser et comparer une expression », tel qu’il figure sur la fiche.
Retenir les relations
Indiquez le sens du contraste : B/A et A/B changent le signe du logarithme. Des comptages nuls demandent un traitement adapté à la méthode ; ajouter arbitrairement une constante peut influencer fortement de petits comptes. Ne confondez pas facteurs de taille et toutes les autres normalisations possibles.
Les pièges à éviter et la version imprimable sont réservés à votre compte.
S’entraîner sur ces notions
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